A malajziai időjárás a hétvége eddigi részében kegyes volt a csapatokhoz, a versenyre azonban megérkezett az eső, mindenkinél előkerültek az intermediate abroncsok, de hamarosan már ez is nagyon kevésnek bizonyult, és hatalmas káosz vette kezdetét...

A rajtnál a McLarenek megtartották vezető helyüket, Lewis Hamilton és Jenson Button sorrendben, mögöttük azonban nagy tumultus alakult ki, aminek legnagyobb vesztese Michael Schumacher lett. A Lotus francia versenyzője, Romain Grosjean hátulról meglökte a Mercedes jobb hátsó kerekét, aminek következtében mindketten megpördültek, a német a 16, Grosjean a 20. helyre esett vissza. A francia pilótának - a szezonnyitóhoz hasonlóan - most sem tartott sokáig a versenye, ugyanis az egyre inkább szakadó esőben a 4. körben kavicságyban fejezte be a Maláj Nagydíjat.

A rajt után a két Red Bull állt a harmadik-negyedik helyen, ám a helyezkedést tovább bonyolította az extrém időjárás, ami miatt a komplett mezőny esőgumikra váltott.
A negyedik helyen álló Sebastian Vettel kerékcseréjét kissé elrontották, mert a németnek várakoznia kellett csapattársa mögött, így visszaesett a hatodik helyre. Rosszul taktikáztak Kimi Raikkönennél is, de például Sergio Pérez sokat nyert azzal, hogy már az első körben meglátogatta szerelőit, illetve Felipe Massa is nyert két pozíciót a kerékcseréket követően.

A hetedik körben a versenyirányítás berendelte a SafetyCart, majd két kör után előkerült a piros zászló, és egy hosszas szünet vette kezdetét.
A leintéskor az első hat sorrendje a következő volt: Hamilton, Button, Pérez, Webber, Alonso Vettel. Jean-Eric Vergne nem váltott esőgumikra, ezért megszakítás pillanatában a hetedik helyen állt, őt követte Felipe Massa és Nico Rosberg, majd az utolsó pontszerző helyre a HRT indiai versenyzője, Narain Karthikeyan keveredett be, ennek oka, hogy a HRT versenyzői már a rajtnál extrém esőgumikat kaptak.

Az újraindítást követően ismét nagy kavalkád alakult ki, mert a mezőny máris köztes abroncsokra váltott. A McLaren csapatnál szerencsétlenül alakultak a dolgok, Hamilton sokat időzött a boxban, így a harmadik helyre esett vissza, Alonso és Pérez mögé. Közben a brit csapattársa ráfutott az előtte kóválygó Karthikeyan autójára, majd egy törött első szárnnyal kénytelen volt visszahajtani a szerelőkhöz. Button a 21. helyre tért vissza.

A dobogósok mögött Rosberg, Vettel, Räikkönen és Webber sorakozott fel, de a Mercedes már kissé feltartotta a mögötte lévő Red Bullt, és a DRS zónában a 23. körben először Vettel, majd hamarosan Räikkönen és Webber is elment Rosberg mellett, aki már nagyon elkoptatta abroncsait, és ki is menekült a boxba, ezt követően a 15. helyre tért vissza. Hasonlóan szenvedett Schumacher is (bár kevésbé mint csapattársa), vagyis a csapat egyelőre mégsem talált megoldás a gumiproblémákra.

Miközben Alonso az élen autózott Pérez és Hamilton előtt, addig brazil csapattársa kiszorult a pontszerző helyről, amihez egy kicsúszás, majd egy harmadik kerékcsere segítette hozzá. Massa a 16. helyre, Jenson Button elé tért vissza, ami látványos csatát eredményezett. Kettőjükre ráadásul Daniel Ricciardo is megérkezett, végül Button és az ausztrál is áthámozta magát a Ferrari pilótáján.

A futam utolsó szakaszára már előkerültek a slick gumik, elsőként Ricciardo és Massa autóján, miközben az élmezőnyben a gumi kímélő stílusáról híres Pérez sorra futotta meg a leggyorsabb köröket, és megérkezett Alonso nyakára. A Ferrarinál azonban jól reagáltak, és a spanyolt kihozták a Sauber elől gumicserére. A következő körben Pérez és Hamilton is száraz pályára való keverékekre váltott, a sorrend pedig változatlan maradt.

A mexikói kemény Pirelliket kapott, ám ezzel is jóval gyorsabb tempót diktált az élen álló Alonsónál, és 49. körre már egy másodpercen belül volt, azaz használhatta a DRS zónát. A nagy csata végül elmaradt, miután a sauberes az egyik kanyarban kisodródott, a spanyol pedig fellélegezhetett.
Miközben az élen nagy izgalmak alakultak ki, a negyedik helyen álló Vettel versenyét a 47. körben lekörözött Karthikeyan tönkretette, amikor hátulról eltalálta a Red Bull bal hátsó kerekét. Vettel egy defekt után végül a 11. lett.

A dobogósok mögött Webber, Raikkönen, Senna, Di Resta, J-Eric Vergne, Hülkenberg és Schumacher ért be pontszerző helyeken.
A verseny leggyorsabb körét (1:40.722) Kimi Räikkönen futotta meg az 53. körben.